Proteomik

Als Proteomik wird die Gesamtheit aller in einem Lebewesen, Gewebe, Zelle oder Zellkompartiment befindlichen Proteine zu einem bestimmten Zeitpunkt unter definierten Bedingungen bezeichnet. Das Proteom ist einer immer fortwährenden Änderung ausgesetzt, da Proteine ständig neu synthetisiert bzw. abgebaut werden. Bei der Proteomik-Analytik geht es deshalb hauptsächlich um die Probenvorbereitung und Trennung von Proteinen, Enzymen, Peptiden und Amino-Säuren. Ferner ist darin z.T. auch die RNA- und DNA-Analytik mit inbegriffen.

Zur Probenvorbereitung zählen vor allem die Proteinextraktion (Protein Extraction), Peptid-Aufreinigung (Peptide Purification) und die Phosphopeptid-Anreicherung.

Für die Analytik von Proteinen und Peptiden stehen eine Reihe von chromatographischen Trennmethoden zur Verfügung. So z.B. die Reversed-Phase-Chromatographie, die hydrophile sowie die hydrophobe Interaktionschromatographie (HILIC bzw. HIC), die Ionenaustauschchromatographie (IEX), die Größenausschlusschromatographie (SEC) und die Affinitätschromatographie (AFC).

Im Folgenden finden Sie detailliertere Informationen mit Applikationsbeispielen zur Analyse bestimmter Proteine, Peptide, DNA, RNA, Antikörper, Aminosäuren usw.

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Acquity® UPLC Peptide HSS T3 C18 Column, 100Å , 1.8 µm, 1 x 150 mm, 1/pkg

186008753

1.090,00 €

Produktart: (U)HPLC Säule Spezifische Oberfläche [m2/g]: 230.0 Kohlenstoffgehalt: 11.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C18 (RP-18, ODS, Octadecyl) Säulentyp: Capillary Column Endcapping: endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Silica Innendurchmesser: 1.0 mm Länge: 150 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 2.0 pH Maximum: 8.0 Porengröße: 100 Å Technologie: U(H)PLC USP Klasse: L1

Acquity® UPLC Peptide HSS T3 C18 Column, 100Å , 1.8 µm, 1 x 100 mm, 1/pkg

186008752

1.020,00 €

Produktart: (U)HPLC Säule Spezifische Oberfläche [m2/g]: 230.0 Kohlenstoffgehalt: 11.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C18 (RP-18, ODS, Octadecyl) Säulentyp: Capillary Column Endcapping: endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Silica Innendurchmesser: 1.0 mm Länge: 100 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 2.0 pH Maximum: 8.0 Porengröße: 100 Å Technologie: U(H)PLC USP Klasse: L1

Acquity® UPLC Peptide HSS T3 C18 Column, 100Å , 1.8 µm, 1 x 50 mm, 1/pkg

186008751

965,00 €

Produktart: (U)HPLC Säule Spezifische Oberfläche [m2/g]: 230.0 Kohlenstoffgehalt: 11.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C18 (RP-18, ODS, Octadecyl) Säulentyp: Capillary Column Endcapping: endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Silica Innendurchmesser: 1.0 mm Länge: 50 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 2.0 pH Maximum: 8.0 Porengröße: 100 Å Technologie: U(H)PLC USP Klasse: L1

iKey HT Peptide CSH C18 Separation Device, 130Å, 1.7 µm, 300 µm X 50 mm, 1/pkg

186008726

4.500,00 €

Produktart: (U)HPLC Säule Spezifische Oberfläche [m2/g]: 185.0 Kohlenstoffgehalt: 15.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C18 (RP-18, ODS, Octadecyl) Säulentyp: Capillary Column Endcapping: endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Hybrid Innendurchmesser: 0.3 mm Länge: 50 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 1.0 pH Maximum: 11.0 Porengröße: 130 Å Technologie: U(H)PLC USP Klasse: L1

iKey HT Peptide BEH C18 Separation Device, 130Å, 1.7 µm, 300 µm X 50 mm, 1/pkg

186008725

4.500,00 €

Produktart: (U)HPLC Säule Spezifische Oberfläche [m2/g]: 185.0 Kohlenstoffgehalt: 18.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C18 (RP-18, ODS, Octadecyl) Säulentyp: Capillary Column Endcapping: endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Hybrid Innendurchmesser: 0.3 mm Länge: 50 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 1.0 pH Maximum: 10.0 Porengröße: 130 Å Technologie: U(H)PLC USP Klasse: L1

Acquity® UPLC Protein BEH SEC Column, 200Å, 1.7 µm, 2.1 mm X 150 mm, 1/pkg

186008471

2.930,00 €

Produktart: SEC/GPC Columns Spezifische Oberfläche [m2/g]: 220.0 Kohlenstoffgehalt: 12.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Säulentyp: Analytical Column Endcapping: non endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Hybrid Innendurchmesser: 2.1 mm Länge: 150 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 1.0 pH Maximum: 8.0 Porengröße: 200 Å Technologie: U(H)PLC USP Klasse: L33

XBridge Protein BEH C4 OBD Prep Column, 300Å, 10 µm, 10 mm X 250 mm, 1/pkg

186008279

2.280,00 €

Produktart: HPLC Column Spezifische Oberfläche [m2/g]: 90.0 Kohlenstoffgehalt: 8.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C4 Säulentyp: Semi-preparative Column Endcapping: non endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Hybrid Innendurchmesser: 10 mm Länge: 250 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 1.0 pH Maximum: 10.0 Druckstabilität: 415 bar Porengröße: 300 Å Technologie: HPLC Temperatur Minimum [°C]: 50 Temperatur Maximum [°C]: 80 USP Klasse: L26

XBridge Protein BEH C4 OBD Prep Column, 300Å, 10 µm, 10 mm X 150 mm, 1/pkg

186008278

1.800,00 €

Produktart: HPLC Column Spezifische Oberfläche [m2/g]: 90.0 Kohlenstoffgehalt: 8.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C4 Säulentyp: Semi-preparative Column Endcapping: non endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Hybrid Innendurchmesser: 10 mm Länge: 150 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 1.0 pH Maximum: 10.0 Druckstabilität: 415 bar Porengröße: 300 Å Technologie: HPLC Temperatur Minimum [°C]: 50 Temperatur Maximum [°C]: 80 USP Klasse: L26

XBridge Protein BEH C4 OBD Prep Column, 300Å, 10 µm, 10 mm X 100 mm, 1/pkg

186008277

1.620,00 €

Produktart: HPLC Column Spezifische Oberfläche [m2/g]: 90.0 Kohlenstoffgehalt: 8.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C4 Säulentyp: Semi-preparative Column Endcapping: non endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Hybrid Innendurchmesser: 10 mm Länge: 100 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 1.0 pH Maximum: 10.0 Druckstabilität: 415 bar Porengröße: 300 Å Technologie: HPLC Temperatur Minimum [°C]: 50 Temperatur Maximum [°C]: 80 USP Klasse: L26

XBridge Protein BEH C4 OBD Prep Column, 300Å, 10 µm, 10 mm X 50 mm, 1/pkg

186008276

1.320,00 €

Produktart: HPLC Column Spezifische Oberfläche [m2/g]: 90.0 Kohlenstoffgehalt: 8.0 % Lieferzeit: ca. 5 Tage (Produkte sind nur innerhalb Deutschlands lieferbar) Modifizierung: C4 Säulentyp: Semi-preparative Column Endcapping: non endcapped Hersteller: Waters Hardware Type: Ready-to-use Column Matrix: Hybrid Innendurchmesser: 10 mm Länge: 50 mm Partikelmorphologie: spherical, fully porous pH Minimum: 1.0 pH Maximum: 10.0 Druckstabilität: 415 bar Porengröße: 300 Å Technologie: HPLC Temperatur Minimum [°C]: 50 Temperatur Maximum [°C]: 80 USP Klasse: L26

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Technische Daten

Top-Down versus Bottom-Up Ansatz

Bei der Analyse von Proteomiks spielen eine Vielzahl von Proteinen und Peptiden eine wichtige Rolle. Für die Detektion dieser Analyten wird häufig die Massenspektrometrie (MS) verwendet. Dabei gibt es zwei verschiedene Ansätze für die MS Analyse von Proteomiks: Top-Down und Bottom-Up.

Top-Down wird verwendet, um intakte Proteine durch ESI-MS (Electron Spray Ionization) in der Gasphase zu untersuchen und zu fragmentieren. Dabei können die Vielzahl an verschiedenen Ladungsvarianten der Proteine zu komplizierten Spektren führen. Die Flüssigchromatographie kann bei der Trennung komplexer Proben helfen, bevor diese durch ESI-MS detektiert werden. Durch den Top-Down Ansatz können Abbauprodukte und Sequenzvarianten erkannt werden, welche bei der Lösung von Interferenzproblemen und der Bestimmung von posttranslationalen Modifikationen helfen.

Bottom-Up beschreibt den Ansatz, bei dem die Proteine zunächst enzymatisch gespalten werden (auch Digestion - Verdauung genannt, häufig Tryptic Digest). Die dabei entstehenden Peptide können dann Massenspektrometrisch untersucht werden. Dabei können einzelne Proteine oder eine Mischung aus Proteinen gespalten werden. Durch diese enzymatische Spaltung werden tausende bis hunderttausende Peptide erhalten, weshalb ein zweidimensionaler Ansatz hilfreich sein kann. Die ursprünglichen Proteine können im Anschluss durch Vergleiche mit theoretischen Peptid Massen oder einer Datenbank identifiziert werden.

Downloads

Hersteller Übersicht

AMT

Proteine:

HALO 1000Å Protein
HALO 400Å Protein

Peptide:

HALO 160Å Peptide

Glycan:

HALO Glycan

Concise Separations

Aminosäuren:

AMINOSep
Amino Acid

RNA:

RiboSep

GL Sciences

Probenvorbereitung - Tryptic Digest:

MonoTip Trypsin

Probenvorbereitung - Entsalzung und Anreicherung:

MonoTip C18

Probenvorbereitung - Phosphopeptid Anreicherung:

Titansphere
Titansphere Phos-TiO Kit
Titansphere Phos-TiO MP Kit
Titansphere Phos-TiO für große Proben

Probenvorbereitung - Entsalzung von Phosphopeptiden:

GL-Tip SDB
GL-Tip GC
MonoTip TiO

Probenvorbereitung - Entferrnung von Phosphopeptiden:

MonoSpin Phospholipid

Probenvorbereitung - Aufreinigung und Anreicherung kleiner Proben:

MonoSpin Series

Probenvorbereitung - Peptid Fraktionierung:

GL-Tip SCX
GL-Tip SDB-SCX

Probenvorbereitung - Antikörper Aufreinigung:

MonoSpin ProA
MonoSpin ProG

Proteomik - Reversed Phase:

MonoCap C18
ProteoSil 300-C18
ProteoSil 300-C8
ProteoSil 200-C18
ProteoSil 100-C18
ProteoSil 300-C4
MonoSelect RP-mAb

Proteomik - HILIC:

MonoCap HILIC
ProteoSil HILIC

Proteomik - SEC:

ProteoSil 300-SEC
ProteoSil 100-SEC

Proteomik - IEX:

MonoCap SCX

Proteine und Peptide - Reversed Phase:

Inertsil WP300 C18

Proteine - SEC:

Inertsil WP300 Diol

Imtakt

Aminosäuren:

Intrada Amino Acid

Sepax

Proteine, Peptide und Antikörper - SEC:

SRT
Unix
Zenix
Nanofilm

Antikörper - IEX:

Antibodix

Antikörper - Affinitätschromatographie:

ProAqa Excel
Affinity HSA
Polar MC-IMAC Excel (Metall Affinität)

Proteomik - IEX:

Proteomix

Proteomik - Reversed Phase:

PolyRP

Proteomik - HIC:

Proteomix HIC

mRNA - Affinitätschromatographie:

Monomix dT20 Affinity

Adeno-associated Viruses - IEX:

Proteomix AAV SAX

Shodex

Proteine und Peptide - SEC:

Protein KW
Protein LW

Proteine und Peptide - Reversed Phase:

RSpak DE
Asahipak ODP-50

Proteine und Peptide - HILIC:

HILICpak VC-50
Asahipak NH2P

Proteine und Peptide - IEX:

IEC QA-825
IEC DEAE-825
IEC SP-825
IEC SP-FT 4A
IEC CM-825
IEC ES-502C 7C

Proteine und Peptide - Mixed-Mode:

Asahipak GS-220 HQ
Asahipak GS-320 HQ

Aminosäuren - IEX:

RSpak NN-814
IC YS-50
CXpak P-421

Aminosäuren - Reversed Phase:

Asahipak ODP-50

Aminosäuren - HILIC:

HILICpak VC-50
HILICpak VG-50
Asahipak NH2P

Nucleotide - Mixed-Mode:

Asahipak GS-320 HQ
RSpak NN-814

Nucleotide - Reversed Phase:

RSpak DE

Oligonucleotide - HILIC:

HILICpak VN-50

DNA/RNA - IEX:

IEC DEAE-825

DNA/RNA - SEC:

OHpak SB
OHpak LB
Asahipak GF-510 HQ
Asahipak GF-M0 HQ

Thermo

Peptide - Reversed Phase:

Accucore 150-C18

Proteine - Reversed Phase:

Accucore 150-C4
ProSwift RP
PepSwift

Proteine - HIC:

MAbPAC HIC Series
ProPac HIC

Proteine - Ladungsvarianten mit IEX:

ProPac Elite WCX
ProPac SAX-1
MAbPac SCX
ProPac 3R IEX

Antikörper - Affinitätschromatographie:

MAbPAC Protein A

Antikörper - SEC:

MAbPac SEC-1
Acclaim SEC-300
Acclaim SEC-1000

Antikörper - Reversed Phase:

MAbPac RP (Top-Down)
BioBasic C4

Antikörper - IEX:

ProPac Elite WCX

Glycane - HILIC:

Accucore 150-Amide-HILIC

Glycane - Mixed-Mode:

GlycanPac AXH-1
GlycanPac AXR-1

Peptid Mapping - Reversed Phase:

Hypersil GOLD VANQUISH C18
Hypersil GOLD Peptide
PepMap (Bottom-Up)
µPAC (Bottom-Up)

Nucleinsäuren und Oligonucleotide - Reversed Phase:

DNAPac RP

Oligonucleotide - IEX:

DNAPac PA200
DNASwift SAX-1S
DNAPac RP

Proteine und Peptide - Metallaffinität:

ProPac IMAC-10

Probenvorbereitung - Digestion:

SMART Digest

Proteine - IC:

Dionex CarboPac PA20
Dionex IonPac AS11-HC

Tosoh

Proteine und Peptide - SEC:

TSKgel SW
TSKgel SWXL
TSKgel SuperSW
TSKgel UltraSW
TSKgel UP-SW

Aminosäuren - IEX:

TSKgel SAX
TSKgel SCX

Peptide und kleine Proteine - IEX:

TSKgel Q-STAT
TSKgel SP-STAT
TSKgel CM-STAT
TSKgel SCX
TSKgel SP-2SW
TSKgel CM-2SW
TSKgel DEAE-2SW

Peptide - HIC:

TSKgel Butyl-NPR

Proteine - IEX:

TSKgel BioAssist S
TSKgel BioAssist Q
TSKgel Q-STAT
TSKgel SP-5PW
TSKgel DEAE-5PW
TSKgel CM-5PW
TSKgel SP-STAT
TSKgel CM-STAT
TSKgel SP-NPR
TSKgel DEAE-NPR
TSKgel SuperQ-5PW

Proteine - HIC:

TSKgel Phenyl-5PW
TSKgel Ether-5PW
TSKgel Butyl-NPR

Proteine - Reversed Phase:

TSKgel Protein C4-300
TSKgel TMS-250

Nucleoside - IEX:

TSKgel SP-2SW
TSKgel DEAE-2SW

Nucleotide - IEX:

TSKgel Q-/DNA-STAT
TSKgel DEAE-2SW

Peptide, Oligonucleotide, Nukleinbasen - HILIC:

TSKgel Amide-80

Oligonucleotide - IEX:

TSKgel Q-/DNA-STAT
TSKgel DEAE-5PW
TSKgel DEAE-NPR
TSKgel DNA-NPR
TSKgel SuperQ-5PW

Oligonucleotide und DNA/RNA - HIC:

TSKgel Phenyl-5PW
TSKgel Butyl-NPR

Oligonucleotide und DNA/RNA - Reversed Phase:

TSKgel Oligo-DNA RP

DNA/RNA - IEX:

TSKgel Q-/DNA STAT
TSKgel DNA-NPR
TSKgel DEAE-NPR
TSKgel DEAE-5PW
TSKgel DEAE-3SW

Antikörper - Affinitätschromatographie:

TSKgel FcR-IIIA-NPR
TSKgel Protein A-5PW

Waters

Peptide - UHPLC - Reversed Phase:

Acquity UPLC Peptide CSH C18, 1.7µm
Acquity Premier Peptide CSH C18, 1.7µm
Acquity UPLC Peptide HSS T3, 1.8µm
Acquity Premier Peptide HSS T3, 1.8µm
Acquity UPLC Peptide BEH C18, 1.7µm
Acquity Premier Peptide BEH C18, 1.7µm
XSelect Peptide CSH C18, 2.5µm
XSelect Premier Peptide CSH C18, 2.5µm
XSelect Peptide HSS T3, 2.5µm
XSelect Premier Peptide HSS T3, 2.5µm
nanoEase MZ Peptide BEH C18, 1.7µm
XBridge Premier Peptide BEH C18, 2.5µm

Peptide - Reversed Phase:

XBridge Peptide BEH C18, 3.5µm
BioSuite C18
Delata-Pak

Peptide/Proteine - IEX:

Protein-Pak HR Q
Protein-Pak HR DEAE
Protein-Pak HR SP
Protein-Pak HR CM
BioSuite SP
BioSuite CM
BioSuite Q
BioSuite DEAE

Proteine - Reversed Phase:

BioResolve RP mAb Polyphenyl, 2.7µm
BioSuite Phenyl, 10µm
DeltaPak C4
Symmetry C4 300, 3.5µm, 5µm
XBridge Protein BEH C4

Proteine - UHPLC - HILIC:

ACQUITY Glycoprotein BEH Amide, 1.7µm

Proteine - UHPLC - HIC:

Protein-Pak Hi Res HIC, 2.5µm

Proteine - HIC:

Protein-Pak Hi Phenyl, 10µm

Proteine - UHPLC - IEX:

BioSuite Anion-Exchange, 2.5µm

Proteine - UHPLC - Reversed Phase:

ACQUITY Protein BEH C4, 1.7µm
nanoEase MZ Protein BEH C4, 1.7µm

Proteine - UHPLC - SEC:

ACQUITY Premier Protein SEC
BioResolve SEC mAb, 2.5µm
XBridge Premier Protein SEC, 2.5µm

Proteine - SEC:

BioSuite Diol (OH), 5µm
Protein-Pak SEC

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