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Proteomik

Als Proteomik wird die Gesamtheit aller in einem Lebewesen, Gewebe, Zelle oder Zellkompartiment befindlichen Proteine zu einem bestimmten Zeitpunkt unter definierten Bedingungen bezeichnet. Das Proteom ist einer immer fortwährenden Änderung ausgesetzt, da Proteine ständig neu synthetisiert bzw. abgebaut werden. Bei der Proteomik-Analytik geht es deshalb hauptsächlich um die Probenvorbereitung und Trennung von Proteinen, Enzymen, Peptiden und Amino-Säuren. Ferner ist darin z.T. auch die RNA- und DNA-Analytik mit inbegriffen.

 

Zur Probenvorbereitung zählen vor allem die Proteinextraktion (Protein Extraction), Peptid-Aufreinigung (Peptide Purification) und die Phosphopeptid-Anreicherung.

 

Für die Analytik von Proteinen und Peptiden stehen eine Reihe von chromatographischen Trennmethoden zur Verfügung. So z.B. die Reversed-Phase-Chromatographie, die hydrophile sowie die hydrophobe Interaktionschromatographie (HILIC bzw. HIC), die Ionenaustauschchromatographie (IEX), die Größenausschlusschromatographie (SEC) und die Affinitätschromatographie (AFC).

Im Folgenden finden Sie detailliertere Informationen mit Applikationsbeispielen zur Analyse bestimmter Proteine, Peptide, DNA, RNA, Antikörper, Aminosäuren usw.

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Innendurchmesser
Partikelgröße
Modifizierung
Modifizierung (Hersteller)
Porengröße
USP Klasse
Kohlenstoffgehalt
Spezifische Oberfläche [m2/g]
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Säulentyp
Hardware Material
Hardware Type
Untere Molekulargewichtsgrenze
Obere Molekulargewichtsgrenze
Ausschlussgrenze
pH Minimum
pH Maximum
Temperatur Maximum [°C]
Trenntechnik
Technologie
Bodenzahl
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Acquity® Premier Glycoprotein BEH Amide Column, 300Å, 1.7 µm, 2.1 mm x 50 mm, 1/pk with Glycoprotein Performance Test Standard;
176004866
1.060,00 €
Protein-Pak DEAE 5PW Column, 10 µm, 7.5x75 mm, 1/pkg
WAT088044
2.160,00 €
Protein-Pak SP 5PW Column, 10 µm, 7.5x75 mm, 1/pkg
WAT088043
2.160,00 €
Protein-Pak SEC Column, 60Å, 10 µm, 7.8 mm X 300 mm, 500 - 20K, 1/pkg
WAT085250
2.210,00 €
Protein-Pak 125 Column, 10 µm, 7.8 x 300 mm
WAT084601
2.210,00 €
Protein-Pak SEC Column, 300Å, 10 µm, 7.5mm X 300 mm, 10K - 500K, 1/pkg
WAT080013
2.210,00 €
DeltaPak C4 Guard Column, 300Å, 5 µm, 3.9 mm X 20 mm, 2/pkg
WAT046885
280,00 €
DeltaPak C4 Guard Column, 100Å, 5 µm, 3.9 mm X 20 mm, 2/pkg
WAT046875
280,00 €
Protein-Pak DEAE 8HR Glass Column, 8 µm, 5x50 mm, 1/pkg
WAT039791
Protein-Pak CM 8HR Glass Column, 8 µm, 5x50 mm, 1/pkg
WAT039790
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Technische Daten

Top-Down versus Bottom-Up Ansatz

Bei der Analyse von Proteomiks spielen eine Vielzahl von Proteinen und Peptiden eine wichtige Rolle. Für die Detektion dieser Analyten wird häufig die Massenspektrometrie (MS) verwendet. Dabei gibt es zwei verschiedene Ansätze für die MS Analyse von Proteomiks: Top-Down und Bottom-Up.

 

Top-Down wird verwendet, um intakte Proteine durch ESI-MS (Electron Spray Ionization) in der Gasphase zu untersuchen und zu fragmentieren. Dabei können die Vielzahl an verschiedenen Ladungsvarianten der Proteine zu komplizierten Spektren führen. Die Flüssigchromatographie kann bei der Trennung komplexer Proben helfen, bevor diese durch ESI-MS detektiert werden. Durch den Top-Down Ansatz können Abbauprodukte und Sequenzvarianten erkannt werden, welche bei der Lösung von Interferenzproblemen und der Bestimmung von posttranslationalen Modifikationen helfen.

 

Bottom-Up beschreibt den Ansatz, bei dem die Proteine zunächst enzymatisch gespalten werden (auch Digestion - Verdauung genannt, häufig Tryptic Digest). Die dabei entstehenden Peptide können dann Massenspektrometrisch untersucht werden. Dabei können einzelne Proteine oder eine Mischung aus Proteinen gespalten werden. Durch diese enzymatische Spaltung werden tausende bis hunderttausende Peptide erhalten, weshalb ein zweidimensionaler Ansatz hilfreich sein kann. Die ursprünglichen Proteine können im Anschluss durch Vergleiche mit theoretischen Peptid Massen oder einer Datenbank identifiziert werden.

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Hersteller Übersicht

AMT

Proteine:

  • HALO 1000Å Protein
  • HALO 400Å Protein

 

Peptide:

  • HALO 160Å Peptide

 

Glycan:

  • HALO Glycan

Concise Separations

Aminosäuren:

  • AMINOSep
  • Amino Acid

 

RNA:

  • RiboSep

GL Sciences

Probenvorbereitung - Tryptic Digest:

  • MonoTip Trypsin

 

Probenvorbereitung - Entsalzung und Anreicherung:

  • MonoTip C18

 

Probenvorbereitung - Phosphopeptid Anreicherung:

  • Titansphere
  • Titansphere Phos-TiO Kit
  • Titansphere Phos-TiO MP Kit
  • Titansphere Phos-TiO für große Proben

 

Probenvorbereitung - Entsalzung von Phosphopeptiden:

  • GL-Tip SDB
  • GL-Tip GC
  • MonoTip TiO

 

Probenvorbereitung - Entferrnung von Phosphopeptiden:

  • MonoSpin Phospholipid

 

Probenvorbereitung -  Aufreinigung und Anreicherung kleiner Proben:

  • MonoSpin Series

 

Probenvorbereitung - Peptid Fraktionierung:

  • GL-Tip SCX
  • GL-Tip SDB-SCX

 

Probenvorbereitung - Antikörper Aufreinigung:

  • MonoSpin ProA
  • MonoSpin ProG

 

Proteomik - Reversed Phase:

  • MonoCap C18
  • ProteoSil 300-C18
  • ProteoSil 300-C8
  • ProteoSil 200-C18
  • ProteoSil 100-C18
  • ProteoSil 300-C4
  • MonoSelect RP-mAb

 

Proteomik - HILIC:

  • MonoCap HILIC
  • ProteoSil HILIC

 

Proteomik - SEC:

  • ProteoSil 300-SEC
  • ProteoSil 100-SEC

 

Proteomik - IEX:

  • MonoCap SCX

 

Proteine und Peptide - Reversed Phase:

  • Inertsil WP300 C18

 

Proteine - SEC:

  • Inertsil WP300 Diol

Imtakt

Aminosäuren:

  • Intrada Amino Acid

Sepax

Proteine, Peptide und Antikörper - SEC:

  • SRT
  • Unix
  • Zenix
  • Nanofilm

 

Antikörper - IEX:

  • Antibodix

 

Antikörper - Affinitätschromatographie:

  • ProAqa Excel
  • Affinity HSA
  • Polar MC-IMAC Excel (Metall Affinität)

 

Proteomik - IEX:

  • Proteomix

 

Proteomik - Reversed Phase:

  • PolyRP

 

Proteomik - HIC:

  • Proteomix HIC

 

mRNA - Affinitätschromatographie:

  • Monomix dT20 Affinity

 

Adeno-associated Viruses - IEX:

  • Proteomix AAV SAX

Shodex

Proteine und Peptide - SEC:

  • Protein KW
  • Protein LW

 

Proteine und Peptide - Reversed Phase:

  • RSpak DE
  • Asahipak ODP-50

 

Proteine und Peptide - HILIC:

  • HILICpak VC-50
  • Asahipak NH2P

 

Proteine und Peptide - IEX:

  • IEC QA-825
  • IEC DEAE-825
  • IEC SP-825
  • IEC SP-FT 4A
  • IEC CM-825
  • IEC ES-502C 7C

 

Proteine und Peptide - Mixed-Mode:

  • Asahipak GS-220 HQ
  • Asahipak GS-320 HQ

 

Aminosäuren - IEX:

  • RSpak NN-814
  • IC YS-50
  • CXpak P-421

 

Aminosäuren - Reversed Phase:

  • Asahipak ODP-50

 

Aminosäuren - HILIC:

  • HILICpak VC-50
  • HILICpak VG-50
  • Asahipak NH2P

 

Nucleotide - Mixed-Mode:

  • Asahipak GS-320 HQ
  • RSpak NN-814

 

Nucleotide - Reversed Phase:

  • RSpak DE

 

Oligonucleotide - HILIC:

  • HILICpak VN-50

 

DNA/RNA - IEX:

  • IEC DEAE-825

 

DNA/RNA - SEC:

  • OHpak SB
  • OHpak LB
  • Asahipak GF-510 HQ
  • Asahipak GF-M0 HQ

Thermo

Peptide - Reversed Phase:

  • Accucore 150-C18

 

Proteine - Reversed Phase:

  • Accucore 150-C4
  • ProSwift RP
  • PepSwift

 

Proteine - HIC:

  • MAbPAC HIC Series
  • ProPac HIC

 

Proteine - Ladungsvarianten mit IEX:

  • ProPac Elite WCX
  • ProPac SAX-1
  • MAbPac SCX
  • ProPac 3R IEX

 

Antikörper - Affinitätschromatographie:

  • MAbPAC Protein A

 

Antikörper - SEC:

  • MAbPac SEC-1
  • Acclaim SEC-300
  • Acclaim SEC-1000

 

Antikörper - Reversed Phase:

  • MAbPac RP (Top-Down)
  • BioBasic C4

 

Antikörper - IEX:

  • ProPac Elite WCX

 

Glycane - HILIC:

  • Accucore 150-Amide-HILIC

 

Glycane - Mixed-Mode:

  • GlycanPac AXH-1
  • GlycanPac AXR-1

 

Peptid Mapping - Reversed Phase:

  • Hypersil GOLD VANQUISH C18
  • Hypersil GOLD Peptide
  • PepMap (Bottom-Up)
  • µPAC (Bottom-Up)

 

Nucleinsäuren und Oligonucleotide - Reversed Phase:

  • DNAPac RP

 

Oligonucleotide - IEX:

  • DNAPac PA200
  • DNASwift SAX-1S
  • DNAPac RP

 

Proteine und Peptide - Metallaffinität:

  • ProPac IMAC-10

 

Probenvorbereitung - Digestion:

  • SMART Digest

 

Proteine - IC:

  • Dionex CarboPac PA20
  • Dionex IonPac AS11-HC

Tosoh

Proteine und Peptide - SEC:

  • TSKgel SW
  • TSKgel SWXL
  • TSKgel SuperSW
  • TSKgel UltraSW
  • TSKgel UP-SW

 

Aminosäuren - IEX:

  • TSKgel SAX
  • TSKgel SCX

 

Peptide und kleine Proteine - IEX:

  • TSKgel Q-STAT
  • TSKgel SP-STAT
  • TSKgel CM-STAT
  • TSKgel SCX
  • TSKgel SP-2SW
  • TSKgel CM-2SW
  • TSKgel DEAE-2SW

 

Peptide - HIC:

  • TSKgel Butyl-NPR

 

Proteine - IEX:

  • TSKgel BioAssist S
  • TSKgel BioAssist Q
  • TSKgel Q-STAT
  • TSKgel SP-5PW
  • TSKgel DEAE-5PW
  • TSKgel CM-5PW
  • TSKgel SP-STAT
  • TSKgel CM-STAT
  • TSKgel SP-NPR
  • TSKgel DEAE-NPR
  • TSKgel SuperQ-5PW

 

Proteine - HIC:

  • TSKgel Phenyl-5PW
  • TSKgel Ether-5PW
  • TSKgel Butyl-NPR

 

Proteine - Reversed Phase:

  • TSKgel Protein C4-300
  • TSKgel TMS-250

 

Nucleoside - IEX:

  • TSKgel SP-2SW
  • TSKgel DEAE-2SW

 

Nucleotide - IEX:

  • TSKgel Q-/DNA-STAT
  • TSKgel DEAE-2SW

 

Peptide, Oligonucleotide, Nukleinbasen - HILIC:

  • TSKgel Amide-80

 

Oligonucleotide - IEX:

  • TSKgel Q-/DNA-STAT
  • TSKgel DEAE-5PW
  • TSKgel DEAE-NPR
  • TSKgel DNA-NPR
  • TSKgel SuperQ-5PW

 

Oligonucleotide und DNA/RNA - HIC:

  • TSKgel Phenyl-5PW
  • TSKgel Butyl-NPR

 

Oligonucleotide und DNA/RNA - Reversed Phase:

  • TSKgel Oligo-DNA RP

 

DNA/RNA - IEX:

  • TSKgel Q-/DNA STAT
  • TSKgel DNA-NPR
  • TSKgel DEAE-NPR
  • TSKgel DEAE-5PW
  • TSKgel DEAE-3SW

 

Antikörper - Affinitätschromatographie:

  • TSKgel FcR-IIIA-NPR
  • TSKgel Protein A-5PW

Waters

Peptide - UHPLC - Reversed Phase:

  • Acquity UPLC Peptide CSH C18, 1.7µm
  • Acquity Premier Peptide CSH C18, 1.7µm
  • Acquity UPLC Peptide HSS T3, 1.8µm
  • Acquity Premier Peptide HSS T3, 1.8µm
  • Acquity UPLC Peptide BEH C18, 1.7µm
  • Acquity Premier Peptide BEH C18, 1.7µm
  • XSelect Peptide CSH C18, 2.5µm
  • XSelect Premier Peptide CSH C18, 2.5µm
  • XSelect Peptide HSS T3, 2.5µm
  • XSelect Premier Peptide HSS T3, 2.5µm
  • nanoEase MZ Peptide BEH C18, 1.7µm
  • XBridge Premier Peptide BEH C18, 2.5µm

Peptide - Reversed Phase:

  • XBridge Peptide BEH C18, 3.5µm
  • BioSuite C18
  • Delata-Pak

 

Peptide/Proteine - IEX:

  • Protein-Pak HR Q
  • Protein-Pak HR DEAE
  • Protein-Pak HR SP
  • Protein-Pak HR CM
  • BioSuite SP
  • BioSuite CM
  • BioSuite Q
  • BioSuite DEAE

 

Proteine - Reversed Phase:

  • BioResolve RP mAb Polyphenyl, 2.7µm
  • BioSuite Phenyl, 10µm
  • DeltaPak C4
  • Symmetry C4 300, 3.5µm, 5µm
  • XBridge Protein BEH C4

Proteine - UHPLC - HILIC:

  • ACQUITY Glycoprotein BEH Amide, 1.7µm

 

Proteine - UHPLC - HIC:

  • Protein-Pak Hi Res HIC, 2.5µm

 

Proteine - HIC:

  • Protein-Pak Hi Phenyl, 10µm

 

Proteine - UHPLC - IEX:

  • BioSuite Anion-Exchange, 2.5µm

 

Proteine - UHPLC - Reversed Phase:

  • ACQUITY Protein BEH C4, 1.7µm
  • nanoEase MZ Protein BEH C4, 1.7µm

 

Proteine - UHPLC - SEC:

  • ACQUITY Premier Protein SEC
  • BioResolve SEC mAb, 2.5µm
  • XBridge Premier Protein SEC, 2.5µm

 

Proteine - SEC:

  • BioSuite Diol (OH), 5µm
  • Protein-Pak SEC

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