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Protein Digestion (Proteinverdauung) spielt eine wichtige Rolle bei der Analyse einzelner Proteine oder komplexer Mischungen. Dabei wird das Protein bzw. die Mischung von Proteinen mit Enzymen behandelt (meist Trypsin), um die Proteine in Peptide zu zerlegen. Daraus resultiert das sogenannte Peptid Mapping. Diese Peptide können im Anschluss massenspektrometrisch untersucht werden, wodurch sich Rückschlüsse auf das ursprüngliche Protein ziehen lassen. Dies wird auch als Bottom-Up Ansatz in der Proteomik Analytik beschrieben.
Für die reproduzierbare und zuverlässige Analytik der verdauten Proteine ist die vollständige Verdauung von entscheidender Bedeutung. Daher gibt es auch Produkte von verschiedenen Herstellern, um eine zuverlässige Verdauung zu gewährleisten.