Als stationäre Phase wird häufig ein vollständig sulfonierter Kationaustauscher verwendet. Durch niedrig konzentrierte, wässrig starke Säuren als mobile Phase bildet sich um die Sulfonsäuregruppen eine Hydrathülle aus. Begrenzt wird diese durch eine (gedachte) partiell negativ geladene Membran, die in der Literatur auch als Donnan-Membran bezeichnet wird. Die stationäre Phase ist somit nur für ungeladene, nicht dissoziierte Moleküle wie z.B. Wasser zugänglich. Analyten mit stark sauren Charakter werden ausgeschlossen, da diese unter den Bedingungen der mobilen Phase immer noch z.T. deprotoniert vorliegen und somit von der Donnan-Membran abgestoßen werden.
Ausgeschlossene Ionen können nicht in das Porensystem der stationären Phase eindringen und werden als erstes eluiert. Schwache Säuren dagegen liegen im Laufmittel protoniert vor, d.h. sie sind ungeladen. Somit können diese die Donnan-Membran passieren und gehen an die Oberfläche der stationären Phase, wo sie getrennt werden. Anwendung der Ionenausschlusschromatographie ist häufig die simultane Trennung von Zuckern, organischen Säuren und Alkoholen z.B. in der Fermentationsanalytik.